莲池大师的佛学思想，主要在于融合各宗同归净土。在他的《普劝念佛往生净土》一文中说的：“若人持律，律是佛制，正好念佛；若人看经，经是佛说，正好念佛；若人参禅，禅是佛心，正好念佛；若人悟道，道须佛证，正好念佛。”（见《云栖遗稿》卷三）可以体现这一理念。其思想的归趣虽说在于净土，但对于华严与禅宗也颇有造诣。华严宗的派系中以他为华严圭峰下第二十二世祖师。另外他在《竹窗随笔－经教》中又表明了对于经教的重视，文曰：“予一生崇尚念佛，然勤勤恳恳劝人看教。何以故？念佛之说何自来乎？非金口所宣明载简册，今日众生何由而知十万亿刹之外有阿弥陀也？其参禅者借口教外别传，不知离教而参是邪因也，离教而悟是邪解也。……是故学佛者必以三藏十二部为模楷”。而在《云栖法汇━阅藏要语》中又再说明：“大藏经所诠者，不过戒定慧而已……戒定慧即是念佛法门，何也？戒乃防非为义，若能一心念佛，诸恶不入，即戒也；定乃除散为义，若能一心念佛，心不攀缘，即定也；慧乃明照之义，若观佛声，字字分明，亦观能念所念，皆不可得，即慧也。如是念佛即戒定慧也。何必随文逐字，阅此藏经。”这些论点体现了他所说的念佛法门统摄无量法门的观念。

　　正如莲池大师自己所说的，念佛法门是他一生之所崇尚，必然的无论是自度或是度他都以三根普被，利顿全收的净土法门为中枢。大师所阐扬的念佛法门有四类，分别为：持名念佛、观像念佛、观想念佛与实相念佛。其中以“持名念佛” 为大师所最推崇，认为：“观想理微，众生心杂，杂心修观，观想难成，大圣悲怜，直劝专持名号。良由称名易故，相续即生。如阐扬持名念佛之功，最为往生净土之要，若能持名深达实相，则以妙观同功。”在他的《阿弥陀经疏钞》中重申道：“单指持名，但得一心，便生彼国，可谓愈简愈约，愈妙愈玄，径中径矣！”

　　大师认为学佛的根本是在于摄心，而持名念佛一法是为摄心要道。是以其非常注重对于心的修证，并指出修学“一心不乱”为：一心者，专注正境也；不乱者，不生妄念也。又将一心不乱分为事理二种，并与定慧结合，说明此一心即实相，即同乎法界，即定中之定，即菩萨念佛三昧，即达摩直指之禅，即是转识成智。因此而得结论云：故知念佛法门总摄一切佛法。

　　莲池大师除了以身作则率众念佛修行之外，也很注重以文字般若作佛事，余时笔耕不辍，是以著述甚丰，主要代表作有：《戒疏发隐》五卷、《阿弥陀经疏钞》四卷、《佛遗教经节要》一卷、《具戒便蒙》一卷、《水陆仪规》六卷、《竹窗随笔》三卷、《往生集》三卷、《净土疑辩》一卷、《禅关策进》一卷、《楞伽经摸象记》十卷、《缁门崇行录》一卷、《山房杂录》三卷等。这些著作在大师往生后由受业弟子大贤及居士等编集成册，分为三类。凡释经十一册、辑古十一册、手着十二册，全集称为《云栖法汇》。明崇祯十年（1637）比丘智瑛募资刊为方册本行于世。清代悟开法师赞此书为“真度世之宝筏，法门之柱石。”现今流通的版本则为清朝光绪二十三年（1897）由金陵刻经处重刻刊行的。

　　据有关史籍记载，清康熙二十八年，圣祖亲诣云栖，雍正十三年，世宗册封莲池大师为：“净妙真修禅师”，编入御选语录并御制像赞，赞曰：“三乘十地，顿渐偏圆。一句具足。法尔如然。作么一句。阿弥陀佛。方广等平，圆通明彻”。乾隆十六年、二十二年。二十七年、三十年、高宗四诣云栖寺，嘉庆十七年，云栖寺不慎失于火灾，仁宗特颁内帑并谕募缘重修，如是种种迹象表明，莲池大师身后声光显著，盛为历代帝王所尊，德荫后世，道感千古，诚附一代宗师之荣称。其丰功伟绩将永远在净宗弘传史上大放光彩。敬录印祖所撰的莲池大师相颂作为本文之结语并借此表达诚挚之敬仰之情。

　　颂曰：

　　幼闻念佛意颇快，末诫门徒莫捏怪。

　　行为世则言世法，注重净土及规戒。

　　砥柱狂澜契理机，阐明佛心祛峰虿。

　　普令具缚诸凡夫，仗佛慈力登莲界。